La Salle du Conseil, destinée à accueillir les membres de la Société des Nations, a commencé à être construite à la fin de l'année 1936. L'aménagement et l'ameublement de cette pièce carrée ont été confiés au décorateur parisien René Prou. Contrairement aux autres salles du Palais, la Salle du Conseil n’avait pas d'estrade, mais une grande table pour 21 personnes disposée en demi-cercle devant les cinq fenêtres donnant sur le parc. Entre mars 1935 et mai 1936, les murs et le plafond de la Salle du Conseil ont été décorés de peintures aux couleurs or et sépia représentant les progrès de l'humanité en matière de santé, de technologie, de liberté et de paix. Elles ont été réalisées par l'artiste catalan José Maria Sert et offertes par l'Espagne à la Société des Nations. Deux portes monumentales en bronze avec des inscriptions en latin, chefs-d'œuvre de Raymond Subes, ont été installées sur les deux côtés de la salle. La Salle a été inaugurée le 2 octobre 1936.

De 1951 à 1968, la Salle du Conseil a fait l'objet d'une série de travaux de transformation visant à répondre aux besoins liés à l'élargissement de l'Organisation des Nations Unies, en particulier ceux du Conseil économique et social et du Conseil de sécurité. L'architecte Jacques Carlu a été chargé de créer une salle de conférence polyvalente tout en conservant la beauté et la majesté des lieux. Des cabines climatisées pour l'interprétation simultanée ont été ajoutées, l'équipement technique nécessaire a été installé et du nouveau mobilier a été commandé. L'estrade, en forme de fer à cheval pour que la table puisse accueillir 23 personnes, a été rapprochée du centre de la salle, de sorte que le/la Président(e) s'assoie au milieu et que deux sièges soient disposés derrière chaque chaise.

En 1968, au titre d'un programme d'amélioration et de gros travaux d'entretien (A/C.5/1009 et A/C.5/1040), un fonds a été créé pour la rénovation de la salle. Un meilleur système de ventilation et des équipements techniques plus sophistiqués ont été installés, ainsi que de nouveaux meubles.

Le 2 octobre 1986, pour célébrer le 50^e anniversaire de la Salle, l'Espagne a offert une plaque commémorative, qui a été placée à l'intérieur de la pièce.

C'est dans la Salle du Conseil qu'ont eu lieu les négociations visant à mettre fin à la guerre du Golfe de 1991, plusieurs sessions extraordinaires du Conseil de sécurité s'y sont tenues et la Conférence du désarmement continue de s'y réunir.