La construction de la salle du Conseil a commencé fin 1936 pour accueillir les membres de la Société des Nations. Le décor et l'ameublement de la pièce de forme carrée ont été confiés au décorateur parisien René Prou. Contrairement aux autres salles du Palais, la salle du Conseil ne disposait pas de podium mais d'une grande table pour 21 personnes située en demi-cercle devant les cinq fenêtres donnant sur le parc. Entre mars 1935 et mai 1936, les murs et le plafond de la salle du Conseil furent décorés de peintures murales dorées et sépia, peintes par l'artiste catalan José Maria Sert, illustrant le progrès de l'humanité à travers la santé, la technologie, la liberté et la paix, et offertes par le gouvernement espagnol auprès de la Société des Nations. Deux portes monumentales en bronze avec inscriptions en latin, chefs-d'œuvre de Raymond Subes, s'ouvrent des deux côtés de la chambre. Le 2 octobre 1936, la salle est inaugurée.

De 1951 à 1968, la Salle du Conseil a connu une série de transformations en raison des besoins d'une ONU élargie, en particulier celle du Conseil économique et social, ainsi que du Conseil de sécurité. L'architecte Jacques Carlu a été chargé de créer une salle de conférence polyvalente tout en gardant sa beauté et sa majesté. Des cabines d'interprétation climatisées pour l'interprétation simultanée ont été créées, l'équipement technique nécessaire a été installé et de nouveaux meubles ont été commandés. Le podium était en forme de fer à cheval afin d'accueillir 23 personnes à table. Il a été rapproché du centre de la pièce, le président étant assis au milieu et deux sièges derrière chaque chaise.

En 1968, dans le cadre d'un programme d'amélioration et de gros travaux d'entretien (A/C.5/1009 et A/C.5/1040), un fonds est alloué à la rénovation de la salle. Un système de ventilation amélioré et des équipements techniques plus sophistiqués ont été installés, ainsi que du nouveau mobilier.

Le 2 octobre 1986, pour célébrer le 50e anniversaire de la salle, le gouvernement espagnol a offert une plaque commémorative située à l'intérieur de la salle.

La salle du Conseil a accueilli les négociations visant à mettre fin à la guerre du Golfe de 1991, plusieurs sessions extraordinaires du Conseil de sécurité et elle continue d'accueillir les réunions de la Conférence du désarmement.